《第三军医大学学报》是经原中国人民解放军总政治部、国家科技部及国家新闻出版署批准，由陆军军医大学（第三军医大学）主管、主办，国内外公开发行的综合性医药卫生类学术刊物。

《第三军医大学学报》创刊于1979年，现为半月刊。版本采用国际标准210mm×297mm开本，国内统一刊号：CN50-1126/R,国际标准刊号：ISSN1000-5404。国内邮发代号：78-91，国外代号：M6529。主要栏目设有：专家论坛、论著（军事医学、基础医学、临床医学、药学、预防医学、检验医学、生物医学工程等）、研究快报、疑难病例和学术之窗。现任主编为钱桂生教授。

《第三军医大学学报》创刊至今，坚持正确的办刊宗旨，以质量特色求生存，以社会效益求发展，在传播新理论、交流新经验、推广新技术、普及新知识等方面作出了积极贡献。近年来，刊文地区分布数已达到31个，涉及国内外机构159个，涵盖了生物医学的全部学科，各类基金资助项目论文占每期刊出论著的63%左右。刊出的论文被引用率和学报的影响因子也逐年上升，据2016版《中国科技期刊引证报告》（核心版）数据显示：2015年度《第三军医大学学报》核心总被引频次为3133次，核心影响因子为0.729，核心他引率0.90，基金论文比0.68，综合评价总分75.37，在55种医药大学学报中名列第2位。在《中国核心期刊要目总览》收录的238种综合性医药卫生类期刊中位列第2。

创刊以来，经过不断努力，《第三军医大学学报》办刊质量不断提高，现已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）、《西太平洋地区医学索引》（WPRIM）及中国科学引文数据库（CSCD）（中国科学院文献情报中心）、中国学术期刊综合评价数据库、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）（中国科学技术信息研究所）、中国核心期刊要目总览（第3版）（北京大学图书馆）等国内外检索系统收录，为中国科技论文统计源期刊和中国自然科学类核心期刊。

《第三军医大学学报》是中国被引频次最高的500种科技期刊之一。自1989年以来，《第三军医大学学报》先后30余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊一、二等奖，其中，2003年、2005年两度被评为“国家期刊奖百种重点科技期刊奖”；2008－2012、2015年6次荣获“百种中国杰出学术期刊”称号，2008、2010、2011连续3届被评为“中国精品科技期刊、教育部科学技术司“中国高校精品科技期刊”。从2012年起，连续6年获批重庆市报刊发展专项资金资助。